Проблемите с полета започват още преди старта. Остава една седмица до изстрелването, когато Чарлс Дюк се разболява от шарка, прихваната от детето му. При направените изследвания на двата екипажа, които тренирали заедно и били в контакт по между си, се оказва, че само Томас Матингли няма изграден имунитет срещу вируса. Наложило се дубльорът Джон Суигърт, пилот на командния модул, да замени титуляря.
Корабът е изстрелян по план в 19 часа 13 минути 00 секунди UTC на 11 април 1970 г. от стартова площадка 39 А на Кейп Кенеди. На 13 април в 13 ч. 24 м. е проведено последното излъчено в ефир телевизионно предаване от борда, продължило 27 минути. След приключването му с пожелания за „спокойна вечер и лека нощ“ екипажът продължава изпълнението на рутинните операции на кораба. Половин час по-късно Джон Суайгърт включва шалтера за хомогенизиране на криогенните резервоари.
Шестнадесет секунди след това кислороден резервоар номер 2 експлодира. В този момент Аполо 13 се намира на близо 320 000 км от Земята.
Поради невъзможността за продължаване на мисията по предварително изготвения план екипът в контролния център на полета взима решение за прекратяването му и завръщане на Земята. За капак по обратния път аварира и животоподдържащата система. Въпреки перипетиите астронавтите Джеймс Ловел, Джон Суигърт и Фред Хейз успяват да стигнат живи до Земята.