Новата Агенция за медицински надзор ще функционира на базата на функциите на Изпълнителна агенция „Медицински одит“ /ИАМО/ и на Агенцията по трансплантации /ИАТ/. Преструктурирането, което се прави в Министерството на здравеопазването, не означава, че се увеличава администрацията в системата, гарантира министър Кирил Ананиев и обясни целта:
„По-добра организация и по-добър капацитет във функционирането на тези две дейности, които като организация и функциониране са много близки една до друга, без да нарушаваме медицинската част и на трансплантациите, и от гледна точка на медицинския одит. Не виждам защо да я наричаме мегаагенция. Тя е нормална агенция. Всъщност вдигаме нивото на отговорност на хората, които ще работят, като сме конкретизирали и контролните функции, които ще изпълняват“.